Karines jūrų pajėgas sudaro Karo laivų flotilė, Jūros ir pakrančių stebėjimo tarnyba, Povandeninių veiksmų komanda, Logistikos tarnyba, Mokymo centras ir Jūrų gelbėjimo ir koordinavimo centras. Flotilė yra pagrindinis Karinių jūrų pajėgų elementas, kurį sudaro Priešmininių laivų divizionas, Patrulinių laivų divizionas ir Pagalbinių laivų divizionas. Karinių jūrų pajėgų personalą šiuo metu sudaro daugiau kaip 600 karininkų, puskarininkių, žemesnių grandžių karių ir civilių darbuotojų.

Lietuvai tapus NATO dalimi, Karinių jūrų pajėgų specializacija yra jūrinių minų paieškos ir neutralizacija. Išlaikomos bei plėtojamos atitinkamos pajėgos, kad būtų galima prisidėti prie NATO nuolatinės parengties priešmininių laivų 1 grupės ir NATO greitojo reagavimo pajėgų. Karinės jūrų pajėgos kasmet skiria laivus ir štabo personalą Baltijos karinių laivų junginio (BALTRON) veiklai vykdyti. Šio junginio pagrindinė užduotis – vykdyti minų paieškos ir neutralizavimo operacijas, tobulinti eskadroje dalyvaujančių laivų įgulų įgūdžius bei ruošti jas dalyvauti NATO vadovaujamose jūrinėse operacijose. Karinės jūrų pajėgos rytojų pasitinka atnaujindamos karinį laivyną moderniais laivais ir įranga, prisiimdamos naujas funkcijas ir turėdamos nuolat tobulėjantį personalą, kas užtikrina puikų joms pavestų užduočių vykdymą.